Daha sonra Dor'lar bu bölgeye yerleşmişlerdir ve Halikarnassos antik kentinin isminin kulanılmakta olduğunu görmekteyiz.Halikarnassos M.Ö. 386 yılında Persler‘in egemenliğine girmiştir.

Halikarnassos en parlak devrini M.Ö. 378 - 353 yılları arasında yaşamış olan Mausolos'un,Karya bölgesinin başkentini o zamanki adıyla Mylasa,şimdi Milas olan şehirden buraya taşıyınca yaşamıştır.Dünyanın yedi harikasından biri olan Mausoleum bu dönemde Kral Mausolos‘un anısına kızkardeşi ve aynı zamanda karısı olan Artemisia II.tarafından yaptırılmıştır.

Bodrum M.Ö. 193 Romalıların eline geçmiş ancak bu dönemde önemli bir gelişme göstermemiştir. M.S. 395 yılında Bizaslıların, M.S. XI yüzyılda Türklerin eline geçmiştir. I. Haçlı Seferi sırasında Bizanslıların, XIV. yüzyılda tekrar Türklerin eline geçmiştir. 1415 yılında Rodos Şövalyelerinin eline geçmiştir. 1523 yılında Kanuni Sultan Süleyman döneminde tekrar Osmanlı İmparatorluğu'na katılmıştır. 19. yüzyılın sonlarında Aydın vilayetinin Menteşe (Muğla) sancağına bağlı bir kaza olarak yönetiliyordu.Bodrum 1919'dan 1921'e değin İtalyan işgalinde kaldı. Cumhuriyetin ilanından sonra adı Bodrum olarak değiştirilmiştir.

1960'lı yıllara kadar küçük bir balıkçı ve süngerci yerleşimi olan Bodrum, Halikarnas Balıkçısı, Azra Erhat, Sabahattin Eyuboğlu gibi sanatçı ve entellektüellerin Gökova Körfezinde düzenledikleri Mavi Yolculuklarla adını yavaş yavaş yurt çapında duyurmaya ve tanınmaya başladı.1960'larda Milas ile arasındaki kara yolunun açılmasıyla giderek bir turizm merkezi haline gelen Bodrum, 1970'lerin başında Bakanlıklararası Turizm Komitesi'nce birinci derece öncelikli turistik merkezler arasına alındı.